El aceite de microalgas posee propiedades que le permiten ser fuente para la producción de biodiesel. El biodiesel, desde el punto de vista de la inflamabilidad y toxicidad, es más seguro que el gas-oil proveniente del petróleo, no es peligroso para el ambiente y es biodegradable.

Algunos combustibles como el bioetanol y el biodiesel poseen una menor densidad energética comparada con la de los combustibles derivados del petróleo (ver tabla Densidades energéticas). Biocombustibles que actualmente buscan desplazar mediante el uso de aceites vegetales (triglicéridos), la principal fuente para la producción de biodiesel, y que para competir con la calidad necesaria para su comercialización podrían ser procesados en refinerías especialmente equipadas, sin embargo, desde la perspectiva de estas refinerías la materia prima ideal requiere de un contenido bajo de oxígeno y ser ameno para su procesamiento usando operaciones de refinación petrolera probadas comercialmente tales como operaciones térmicas ó craqueo catalítico, hidrocraqueo catalítico e hidrotratamiento, e isomerización estructural catalítica (USDOE,2010). Con un adecuado contenido de oxígeno la materia prima podría ser considerada para ser intercambiable con los derivados del petróleo (en un primer acercamiento a la sustitución del mismo) dentro de los procesos de obtención y generación de combustible sin irrumpir en la cadena de valor ó en la infraestructura comúnmente empleada(USDOE, 2010).